清军越三河，略顺义，至通州，渡河，进军牧马厂，兵势如风，攻向北京。大同总兵满桂、宣府总兵侯世禄中途堵截，都被击溃。满、侯两部兵马退保北京。
袁崇焕得到赵率教阵亡、遵化陷落的消息，既伤心爱将之死，又知局面严重，于是两日两夜急行军三百余里，比清军早到了二天，驻军于北京广渠门外。
袁崇焕一到，崇祯立即召见，大加慰劳，要他奏明对付清兵的方略，赐御馔和貂裘。同时召见的还有满桂。他解去衣服，将全身累累伤疤给皇帝看，崇祯大为赞叹。袁崇焕以士马疲劳，要求入城休息。但崇祯心中颇有疑忌，不许他部队入城。袁崇焕要求屯兵外城，崇祯也不准，一定要他们在城外野战。
清兵东攻，一路上势如破竹，在高密店侦知袁军已到，都是大惊失色，万万想不到袁崇焕会来得这样快。
二十日，两军在广渠门外大战。袁崇焕这时候不能再轻袍缓带、谈笑用兵了，他穿了甲胄，亲自上阵督战。从上午八时打到下午四时，恶斗八小时，胜负不决。
满桂率兵五千守德胜门。当时北京军民在城头观战，但见清兵冲突而西，从城上望下来，如黑云万朵，挟迅风而驰，须臾已过。一场激战，满桂受伤，血染征袍，五千兵只剩下了三千人。清兵威猛如此，北京人自然看得心惊胆裂。北京城头守军放大炮支援满桂，但炮术奇差，炮弹打入满桂军中，杀伤了不少士卒。
主战场是在广渠门。袁崇焕和清兵打到傍晚（幸好城头守军没有放炮支援袁军），清兵终于不支败退，退了十余里。袁军直追杀到运河边上。这场血战，清军劲旅阿巴泰、阿济格、思格尔三部都被击溃。袁崇焕也中箭受伤⑦。
这一役之后，清兵众贝勒开会检讨。皇太极的七哥阿巴泰按军律要削爵。皇太极说：“阿巴泰在战阵和他两个儿子相失，为了救儿子，才没有按照预定的计划作战，然而并不是胆怯。我怎么可以定我亲哥哥的罪？”便宽宥了他⑧。可见这一仗清军败得很狼狈。
皇太极与诸贝勒都说：“十五年来，从未遇到过袁崇焕这样的劲敌。”于是不敢再逼近北京，驻兵在海子、采囿之间。
袁崇焕来援北京时，因十万火急，只带了马军五千作先头部队，其后又到了骑兵四千，广渠门这场大战，是以九千兵当十余万大军，其实是胜得十分侥幸的。当时一来袁军一鼓作气，奋勇抗敌，二来清军突然遇到袁军，心中先已怯了，斗志不坚。
袁崇焕知道这一仗侥幸获胜，在军事上并不可取，尤其在京城外打仗，更不能贪图侥幸。他对部属说：“按照兵法，侥幸得胜，比打败仗还要不好。”因为碰运气而打胜，也可因运气不好而败，一败就不可收拾。但如谋定而后战，事先筹划好第二个步骤，即使败了一仗，也无大患。可是崇祯见清兵没有远退，不断的催促袁崇焕出战。袁崇焕说，估计关宁步兵全军于十二月初三、初四可到。一等大军到达，就可和清兵决战。
这时清军中的大将见到袁崇焕兵少，主张立刻攻城。皇太极终是忌惮袁崇焕，不肯攻城，推托说是怕损失良将。
其实即使在袁崇焕步军大队开到之后，还是不应和清兵决战。明军的战斗力远不如清兵，双方人数如约略相等，明军胜少败多。在京城外决战，在明方是太过冒险，万一（其实不是万一，而是极有可能）袁军溃败，甚至全军覆没，北京立刻失陷，崇祯就得提前十五年上吊了。决不能拿京师和皇帝来孤注一掷，作为赌注。但多过得一天，明军从四面八方赶来的勤王之师便多到一批。任何平庸的将才也看得到：应当大军在城外坚守不战，派游军去截断清兵的粮道，焚烧清兵粮草，再派兵去占领长城各处要隘，使清兵完全没有退路，然后与清兵持久对抗。简单说来，就是“坚壁清野”。
在任何地方打仗，都须设法立于不败之地。在京城抗敌，更是绝对要立于不败之地。除非先将皇帝与统帅部先行撤出京城。
时间一久，清军身在险地，军心必然动摇，困在北京郊外，进是进不得，退又退不了，变成了瓮中之鳖。这时袁崇焕兵权统一，只待援军云集，就可对清军四面重重围困。两军交战，胜败之分全在乎一股气势。明军战斗力虽然不行，但眼见必胜，兵将都想立功，自然不会一触即溃。三个月、四个月的打下来，清兵非覆没不可。
在这其间，明军应当再派兵进攻辽阳、沈阳。清兵倾巢而出，本部全然空虚。明军要攻占辽沈决非难事。取得辽沈后，将一些清军的家属送去清军营中，清兵哪里还有斗志？
事实上当然不能这样顺利。皇太极和众贝勒善于用兵，立刻就会全军急退，冲出长城，如果退得早，退得快，明军尚未合围，相信袁崇焕拦他们不住。但西路沿途追击，东路另出大军去攻辽沈而作牵制，清兵大军虽能退回本部，却非输得一败涂地不可。
皇太极这次偷袭实在十分冒险。孙子兵法的重要原则是：设法引敌人进入于我有利的阵地；让敌人辛辛苦苦的远道来攻，我以逸待劳；敌人初来时兵势锋锐，应当持重不战，待得敌人困顿怠懈而想退兵之时，便乘机进击⑨。这些求之不得的良机，突然之间都出现了。袁崇焕熟读孙子兵法，以他的大才，当然能善于利用，就算不能一举而灭了满清，至少也可以令清兵十余年不敢再来进犯。
二次世界大战时德军猛攻斯大林格勒。苏军一面扼守坚城，一面另遣大军抄德军后路，终于聚歼德军三十三万人。经此役后，德军就此一蹶不振。苏军元帅朱可夫的战略，基本原则也不过是“守坚城，抄后路，聚歼之”九字而已。
然而崇祯是个十分急躁、毫无韧力的青年，那时还没满十九岁，一见袁崇焕按兵不动，登时便不耐烦起来，不住的催他出战。袁崇焕一再说，要等步兵全军到达才可进攻，现在只有九千骑兵，和敌兵十余万决战，难求必胜。料想崇祯就怀疑起来了：“你不肯出战，到底是甚么居心？想篡位么？想胁迫我答应议和么？你从前不断和皇太极书信往来，到底有甚么密谋？你为甚么一早就料到金兵要从西路来攻北京？”他的性格本来就十分多疑，敌军兵临城下，又惊又怕之际，想象力定然十分丰富。
这时又有尤世威一路援兵到达，另有侯世禄部一军，两路部队人数不多，战斗力也不强，如派去和清兵交锋，一战即溃，反而扰乱全军军心，影响京师城防。袁崇焕派尤世威部去守昌平，那是明成祖以来历代皇帝的陵寝所在，如果给清兵攻占，掘了皇帝祖宗的坟墓，此事非同小可。他派侯世禄部去守三河，以作蓟州的后应，目的是牵制清军，乘机可截断清兵归路。北京的卫戍部队本来有所谓“京营”，在明太祖时是全国诸军之冠，精锐之极，可是这时久未训练，早已无用⑽，所以袁崇焕派满桂和自己所带的九千骑兵守北京。
崇祯见他并不将所有援兵都调来守北京，更加忧虑重重。总之，他见清兵来攻，已吓得魂飞魄散，只盼望所有援军的一兵一卒，都在北京城外保卫他皇上万岁一个人。他完全不明白打仗的道理。一支部队如果派出去攻击敌军后路，所发生的作用，往往比守在北京城外要大得多。
清兵于十一月二十七日退到南海子，溃败之后，心中不忿，便在北京郊外大举烧杀出气。北京城里居民的心理是和皇帝一样的，顾到的只是自己身家性命，大家听信了谣言，说袁崇焕不肯出战，别有用心。许多人说清兵是他引来的，目的在“胁和”，使皇帝不得不接受他一向所主张的和议。于是有人在城头向城下的袁部骑兵抛掷石头，骂他们是“汉奸兵”。石头砸死了几名兵士。
这种盲目的群众心理，实在是很可怕的，近代的群众心理学书籍中常有提到。第一次宁远大战，清兵猛攻，眼见城破在即，百姓就大骂袁崇焕害人，清兵退后，便即大哭拜谢。据动物学家的调查报告，合群的动物（如老鼠）在遇到危难时，往往会撕杀同类，或许是出于同一心理。
就在这时候，清兵捉到了两名明官派在城外负责养马的太监，一个叫杨春，一个叫王成德。皇太极心生一计，派了副将高鸿中、参将鲍承先、宁完我、巴克甚、达海等人监守。俘虏了两名小小太监，何必要派五名将领来监守？其中当然有计。高、鲍、宁三人是投降满清的汉人。到得晚上，鲍承先与宁完我二人依照皇太极所授的密计，大声“耳语”，互相说道：“这次撤兵，并不是我们打了败仗，那是皇上的妙计。你不见到么？皇上单独骑了马逼近敌人，敌人军中有两名军官过来，参见皇上，商量了好久，那两名军官就回去了。皇上和袁督师已有密约，大事不久就可成功。”
这两名太监睡在旁边，将两人的话都听得清清楚楚。十一月三十日，皇太极命守者假意疏忽，让杨春逃回北京。杨春将听到的话一五一十的禀报了崇祯⑾。
第二天，十二月初一，崇祯召袁崇焕和祖太寿进宫，问不了几句，就喝令将袁崇焕逮捕，囚入御牢。
祖大寿眼见之下，吓得手足无措，出北京城后等了三天，见袁崇焕始终没有获释。崇祯派太监向城外袁部宣读圣旨，说袁崇焕谋叛，只罪一人，与众将士无涉。众兵将在城下大哭。祖大寿与何可纲惊怒交集，立即带了部队回锦州去了⑿。正在兼程南下赴援的袁部主力部队，在途中得悉主帅无罪被捕，北京城中皇帝和百姓都说他们是“汉奸兵”，当然也就掉头而回。
中国历史上甚么千奇百怪的事都有，但敌军兵临城下而将城防总司令下狱，却是第一次发生。
崇祯见祖大寿带领精兵走了，不理北京的防务，这一下可急起来了，忙派了内阁全体大学士与九卿到狱中，要袁崇焕写信招祖大寿回来。袁崇焕心中不服，不肯写，说道：“皇上如有诏书，要我写信，我当然奉旨。再说，我本来是督师，祖大寿听我命令。现今我是监狱里的犯人，就算写了信，祖大寿也不会重视。”但崇祯不肯低头，不肯正式下旨命他写信，只是不断派太监出来催促。后来兵部职方司郎中余大成劝袁崇焕说：“你的忠心和大功，天下皆知。君要臣死，不得不死，终须以国家为重。”袁崇焕想到了“以国家为重”五字，于是克制了自己的倔强脾气，写了一封极诚恳的信，要祖大寿回兵防守北京。
这时候祖大寿已冲出山海关北去，崇祯派人飞骑追去送信。追到军前，祖大寿军中喝令放箭，这时袁部将士怒不可遏，已把崇祯当敌人了。送信的人大叫：“我奉袁督师之命，送信来给祖总兵，不是朝廷的追兵。”祖大寿骑在马上，等他过来。使者递过信去。祖大寿读了信后，下马捧信大哭，一军都大哭。祖大寿对母亲很孝顺，他母亲又很勇敢，儿子行军打仗，八十多岁的老太太常常跟着部队。这时她劝儿子说：“本来以为督师已经死了，咱们才反出关来，谢天谢地，原来督师并没有死。你打几个胜仗，再去求皇上赦免督军，皇上就会答允。现今这样反了出去，只有加重督师的罪名。”
祖大寿觉得母亲的话很对，当即回师入关，和清兵接战，收复了永平、遵化一带。也即是切断了清兵的两条重要退路⒀。
如果这时崇祯立刻悔悟，放袁崇焕出来重行带兵，仍然大有击破清兵的机会。但崇祯只是一味急躁求战，下旨分设文武两经略。这又是事权不统一的大错误，大概他以为文武分权，总不能两个经略一起造反。文经略是兵部尚书梁廷栋，武经略是满桂。
清兵于十二月初一攻克良乡，得到袁崇焕下狱的消息，皇太极大喜，立即自良乡回军，至芦沟桥，击破明副总兵申甫的车营，迫近北京永定门。
申甫的所谓“车营”，是崇祯在惶急中所做的许多可笑事情之一。申甫本来是个和尚，异想天开的“发明”了许多新式武器，包括独轮火车、兽车、木制西式枪炮等等，自吹效力宏大。崇祯信以为真，立即升他为副总兵，发钱给他在北京城里招募了数千名市井流氓，成立新式武器的战车部队。大学士成基命去检阅新军，认为决不可用，崇祯不听。皇太极回师攻来时，这个战车部队出城交锋，一触即溃，木制大炮自行爆炸，和尚发明家阵亡。
满桂身经百战，深知应当持重，不可冒险求战，但皇帝催得急迫之至，若不出战，势必与袁崇焕一样，无可奈何之下，只得与总兵孙祖寿、麻登云、黑云龙等集骑兵、步兵四万列阵。皇太极令部属冒穿明兵服装，拿了明军旗帜，黎明时分突然攻近。明军不分友敌，登时大乱，满桂、孙祖寿都战死，黑云龙、麻登云被擒。京师大震。
这时祖大寿、何可纲等得到袁崇焕狱中手书，又还兵来救。皇太极对袁部终是忌惮，感到后路所受到的威胁严重，于是并不进攻北京，写了两封议和的信，放在安定门和德胜门城门口，取道冷口而还辽东。
当清兵围城时，崇祯的张皇失措，不单表现在将袁崇焕下狱一事上，此外倒霉的大臣还有不少。他认为兵部尚书王洽处置不善，下狱。王洽相貌堂堂，魁梧威猛，当时是很出名的。崇祯用他做兵部尚书，就是看中了他的相貌，说他像个“门神”。当时北京人私下说，门神一年一换，这个王门神的兵部尚书一定做不长久。果然不到过年，门神就除下来了。围城时一切混乱，监狱中的囚犯乘机大举越狱，于是刑部尚书和侍郎下狱。崇祯又“发觉”北京的城墙不大坚固，似乎挡不住清兵猛攻，其实，那时城墙就算坚固之极，他也会觉得还不够坚固，于是将工部尚书和工部几名郎中一起在朝廷上各打八十棍再下狱。三个郎中两个年老、一个体弱，都在殿上当场活活打死了。至于那个蓟辽总督刘策，他负责的长城防线被清兵攻破，崇祯将他处死，更是不在话下。
当时各地来北京勤王的部队着实不少，本来由袁崇焕统一指挥，大可发挥威力。袁崇焕一下狱，各路兵马军心大乱，再加上欠饷和指挥混乱，山西和陕西的两路援军都溃散回乡，成为“流寇”的骨干。“流寇”本来都是饥民，只会抢粮，不会打仗，这些溃兵一加入，有了军事上的领导，情形完全不同了。“流寇”真正成为明朝的威胁，就从那时开始。
①《明清史料》甲编，崇祯二年五月，袁崇焕奏：“今各边兵饷，历过未给二百余万。凡请饷之疏，俱未蒙温谕，而索饷兵哗，则重处任事之臣。一番共哗，一番发给，一番逮治。哗则饷，不哗则不得饷。去年之宁远，今年之遵化，谓哗不由饷乎？近各镇多以哗矣。哗不胜哗，诛不胜诛，外防虏讧，内防兵溃。如秦之大盗，哗兵为倡，可鉴也。”
②黄宗羲《明夷待访录·建都》：“北都之亡忽焉，其故何也？曰：亡之道不一，而建都失算，所以不可救也……有明都燕不过二百年，而英宗狩于土木，武宗困于阳和，景泰初京城受围，嘉靖二十八年受围，四十三年边人阑入。崇祯间京城岁岁戒严，上下精神毙于寇至，日以失天下为事，而礼乐政教犹足观乎？”
C.P.Fitzgerald:China,A Short Cultural History（注：Ｃ．Ｐ．Ｆｉｔｚｇｅｒａｌｄ：Ｃｈｉｎａ，ＡＳｈｏｒｔＣｕｌｔｕｒａｌＨｉｓｔｏｒｙ）（中国文化简史）：“首都的地位，是明朝主要的弱点之一，是它覆亡的主要原因。”该书对明朝建都北京的不利有详细分析，见P.463-464（注：Ｐ．４６３－４６４）。
③Arnold Toynbee:A Study of History（注：ＡｒｎｏｌｄＴｏｙｎｂｅｅ：ＡＳｔｕｄｙｏｆＨｉｓｔｏｒｙ）（历史研究）的引论中说：“一个比较文明的社会与一个比较落后的社会之间的疆界，如果不再推移，疆界不会就此平衡稳定，时间过去，发展会倾向于对比较落后的社会有利。”
④Bertrand Russell:The Problem of China（注：ＢｅｒｔｒａｎｄＲｕｓｓｅｌｌ：ＴｈｅＰｒｏｂｌｅｍｏｆＣｈｉｎａ）（中国问题）：“中华帝国所以能够一直持续到今日，并非由于任何军事技术；相反的，以它的疆域和资源来说，在大多数时间中，它在战争中的表现都是衰弱无能的。”
⑤皇太极在回军的谕示中说，此行是“渡陈仓、阴平之道，（定）破釜沉舟之计。”
⑥《崇祯长编》，十一月十五日兵部有疏云：“畿东州县，风鹤相惊，人无固志。自督师提兵入援，分派驻防，遂屹然无恙。”得旨：“谕兵部：袁崇焕入关赴援，驻师丰润，与蓟军东西猗角，朕甚嘉慰。即传谕崇焕，多方筹划，计出万全，速建奇功，以膺懋赏。”又谕：“各路援兵，全听督师袁崇焕调度。”崇祯这道上谕中，“计出万全”与“速建奇功”两件事根本是大大矛盾的。
⑦朝鲜对明清战事密切注意，所以朝鲜方面的记载也很有参考价值。据朝鲜《仁祖实录》卷二十二：“（袁）军门领诸将及一万四千兵……由间路驰进北京，与贼对阵于皇城齐化门。贼直到沙窝门。袁军门、祖总兵等，自午至酉，魔战十数合，至于中箭，幸而得捷，贼退兵三十里。贼之得不攻陷京城者，盖因两将力战之功也。”
⑧《清史稿·阿巴泰传》。
⑨《孙子》：“故善战者，致人而不致于人。”“以近待远，以佚待劳。”“故善用兵者，避其锐气，击其惰归。”
⑽《崇祯长编》二年十一月十七日，兵科给事中陶崇道疏言：“昨工部尚书张风翔亲至城头，与臣同阅火器，见城楼所积者，有其具而不知其名，有其名而不知其用，询之将领，皆各茫然，问之士卒，百无一识。有其器而不能用，与无器同；无其器以乘城，与无城同。臣等能不为之心寒乎？”明军守城，主要是靠火器，守城将士连火器都不会使用，由放大炮反而杀伤满桂部队可知。如果没有袁崇焕来援，北京非给清兵攻陷不可。
⑾据王氏《东华录》天聪三年所载。又据《崇祯长编》二年十二月甲子：“大清兵驻南海子，提督大坝马房太监杨春、王成德为大清兵所获，口称：‘我是万岁爷养马的官儿。’大清兵将杨春等带至德胜门鲍姓等人看守。”
⑿崇祯二年十二月甲戌，祖大寿疏言：“比因袁崇焕被拿，宣读圣谕，三军放声大哭，臣用好言慰止，且令奋勇图功以赎督师之罪，此捧旨内臣及城上人所共闻共见者，奈讹言日炽，兵心已伤。初三日，夜哨见海子外营火，发兵夜击，本欲拚命一战，期建奇功，以释内外之疑，不料兵忽东奔……”祖大寿此疏当然有卸免自己责任的用意，但当时士卒愤慨万分，自动东奔的情形也必存在。
⒀袁崇焕狱中写信、祖大寿接信后回师等情状见余大成《剖肝录》。永平即今卢龙县，当时为府治。
十三
袁崇焕蒙冤下狱，朝中群臣大都知他冤枉。内阁大学士周延儒和成基命、吏部尚书王来光都上疏解救。总兵祖大寿上书，愿削职为民，为皇帝死战尽力，以官阶赠荫请赎袁崇焕之“罪”。袁崇焕的部属何之壁率同全家四十余口，到宫外申请，愿意全家入狱，代替袁崇焕出来。崇祯一概不准。
崇祯一定很清楚的知道，单凭杨太监从清军那里听来的几句话，就此判定袁崇焕有罪，那是不能令人信服的，何况这“群英会蒋干中计”的故事，人人皆知。皇帝而成了大白脸曹操，太也可羞。这时发生了一件奇怪的事：御史曹永祚忽然捉到了奸细刘文瑞等七人，自称奉袁崇焕之命通敌，送信去给清军。这七名奸细交给锦衣卫押管。崇祯命诸大臣会审，不料到第二天辰刻，诸大臣会齐审讯，锦衣卫报称：七名奸细都逃走了。众大臣相顾愕然，心中自然雪亮，皇上决心要杀袁崇焕。锦衣卫是皇帝的御用警察，放走这七名“奸细”，自然是出于皇帝的密旨。猜想起来，那御史曹永祚本来想附和皇帝，安排了七名假奸细来诬陷袁崇焕，但不知如何，部署无法周密，预料众大臣会审一定会露出马脚。崇祯就吩咐锦衣卫将七名奸细放了，更可能是悄悄杀了灭口。
对于这件事，负责监察查核军务的兵科给事中钱家修向皇帝指出了严重责问。崇祯难以辩驳，只得敷衍他说，待将袁崇焕审问明白后，便即派去边疆办事立功，还准备升他的官。崇祯这个答复，其实已等于承认袁崇焕无罪①。
兵部职方司主管军令、军政，对军务内情知道得最清楚。职方司郎中（司长）余大成极力为袁崇焕辩白，与兵部尚书梁廷栋几乎日日为此事争执。当时朝廷加在袁崇焕头上的罪名有两条，一是“叛逆”，二是“擅主和议”。所谓叛逆，惟一的证据是擅杀毛文龙，去敌所忌。袁崇焕擅杀毛文龙，手续上固有错误，可是毛死之后，崇祯明令公布毛文龙的罪状，又公开嘉奖袁崇焕杀得对，就算当真杀错，责任也是在皇帝了，已不能作为袁崇焕的罪名②。
嘉靖年间，曾有过一个类似的有名例子：在徐阶的主持下，终于扳倒了大奸臣严嵩、严世蕃父子。严世蕃十分工于心计，在狱中设法放出空气，说别的事情我都不怕，但如说我害死沈炼、杨继盛，我父子就难逃一死。三法司听到了，果然中计，便以此定为他的主要罪名。徐阶看了审案的定稿之后，说道：“这道奏章一上去，严公子就无罪释放了。”三法司忙问原因。徐阶解释理由：杀沈杨二人，是嘉靖皇帝下的特旨，你们说沈杨二人杀错了，那就是指责皇上的不是。皇上怎肯认错？结果当然释放严世蕃，以证明皇帝永远正确。三法司这才恍然大悟，于是胡乱加了一个“私通倭寇”的罪名，就此杀了严世蕃。
但崇祯对于这样性质相同的简单推论，竟是完全不顾。
至于“擅主和议”，也不过是进行和平试探而已，并非“擅缔和约”。袁崇焕提出缔和建议而给朝廷否决，崇祯如果认为他“擅主和议”是过失，当时就应加以惩处，但反而加他太子太保的官衔，自二品官升为从一品，又赐给他蟒袍、玉带和银币。又升又赏，“擅主和议”这件事当然就不算罪行了。
这时关外的将吏士民不断到总督孙承宗的衙门去号哭，为袁崇焕呼冤，愿以身代。孙承宗深信袁崇焕是无罪的，极力安抚祖大寿，劝他立功，同时上书崇祯，盼望以祖大寿之功来赎袁崇焕之“过”。崇祯不予理睬。
有一个没有任何功名职位的布衣程本直，在这时候显示了罕有的侠义精神。这样的事，纵然在轻生重义的战国时代，也足以轰传天下。
程本直与袁崇焕素无渊源，曾三次求见都见不着，到后来终于见到了，他对袁钦佩已极，便投在袁部下办事，拜袁为老师。袁被捕后，程本直上书皇帝，列举种种事实，为袁崇焕辩白，请求释放，让他带兵卫国。这道白冤疏写得怨气冲天，最后申请为袁崇焕而死③。崇祯大怒，将他下狱，后来终于将他杀了，完成他的志愿。
大学士韩 （打不出来，左右结构，左边“火”，右边“广”）是袁崇焕考中进士的主考官，是袁名义上的老师，因此而被迫辞职。御史罗万爵申辩袁崇焕并非叛逆，因而削职下狱。御史毛羽健曾和袁崇焕详细讨论过五年平辽的可能性，因此而罢官充军。
当时朝臣之中，大约七成同情袁崇焕，其余三成则附和皇帝的意思，其中主张杀袁崇焕最力的是首辅温体仁和兵部尚书梁廷栋。
温体仁是浙江乌程（吴兴）人，在《明史》中列于《奸臣传》。他和毛文龙是大同乡，一心要为毛报仇。梁廷栋和袁崇焕是同年，同是万历四十七年的进士，又曾在辽东共事。当时袁崇焕是他上司，得罪过他。他心中记恨，既想报仇，又要讨好皇帝。
崇祯身边掌权的太监，大都在北京城郊有庄园店铺私产，清兵攻到，焚烧劫掠，众太监损失很大，大家都说袁崇焕引敌兵进来。毛文龙在皮岛当东江镇总兵之时，每年饷金数十万，其中一大部分根本不运出北京，便在京城中分给了皇帝身边的用事太监。毛文龙一死，众太监这些大收入都断绝了。
此外还有几名御史高捷、袁弘勋、史范土等人，也主张杀袁崇焕，他们却另有私心。当袁崇焕下狱之时，首辅是钱龙锡，他虽曾批评袁崇焕相貌不佳，但一向对袁很支持。高捷等人在天启朝附和魏忠贤。惩办魏忠贤一伙奸党的案子叫做“逆案”，高捷、史（注：上下结构，上面一个“范”，下面一个“土”）等案中有名，只不过罪名不重，还是有官做。钱龙锡是办理“逆案”的主要人物之一。高捷一伙想把袁崇焕这案子搞成一个“新逆案”，把钱龙锡攀进在内。因为袁崇焕曾与钱龙锡商量过杀毛文龙的事，钱并不反对，只劝他慎重处理。“新逆案”一成，把许多大官诬攀在内，老逆案的臭气就可冲淡了。结果新逆案没有搞成，但钱龙锡也丢官下狱，定了死罪，后来减为充军。
满桂部队最初败退到北京时，军纪不佳，在城外扰民，北京百姓不分青红皂白，把罪名都加在袁崇焕头上。
个人的私怨、妒忌、党派冲突、谣言，交织成了一张诬陷的罗网，而最令人感到痛心的，是袁崇焕亲信谢尚政的叛卖。谢尚政是东莞人，武举，袁崇焕第一次到山海关、第一次上奏章就保荐他，说是自己平生所结的“死士”，可见是袁崇焕年轻时就结交的好朋友。他在袁的提拔下升到参将。袁杀毛文龙，就是这个谢参将带兵把毛部士卒隔在围外。兵部尚书梁廷栋总觉得要杀袁没有甚么充分理由，便授意谢尚政诬告，答允他构成袁的罪名之后可以升他为福建总兵。谢尚政利欲熏心，居然就出头诬告这个平生待他恩义最深的主帅。
以袁崇焕知人之明，毕竟还是看错了谢尚政。要了解一个人，那是多么的困难！袁崇焕对崇祯的胡涂与奸臣的诬陷，或许并不痛恨，因为崇祯与众奸臣本来就是那样的人，但对于谢尚政的忘恩负义，一定是耿耿于怀吧？或许，他也曾想到了，就算是岳飞，也被部下大将王贵所诬告，因而构成了风波亭之狱。只是王贵诬告，是由于秦桧、张俊的威迫，谢尚政却是受了利诱，比较起来，谢尚政又卑鄙些。可是谢尚政枉作小人，他的总兵梦并没有做成，不久梁廷栋以贪污罪垮台，查到谢尚政是贿赂者之一，谢也因此革职。
袁崇焕的罪名终于确定了，是胡里胡涂的所谓“谋叛”。崇祯始终没有叫杨太监出来作证。擅杀毛文龙和擅主和议两件事理由太不充分，崇祯无论如何难以自圆其说，终于也不提了。本来定的处刑是“夷三族”，要将袁崇焕全家、母亲的全家、妻子的全家都满门抄斩。余大成去威吓主理这个案子的兵部尚书梁廷栋：“袁崇焕并非真的有罪，只不过清兵围城，皇上震怒。我在兵部做郎中，已换了六位尚书，亲眼见到没一个尚书有好下场。你做兵部尚书，怎能保得定今后清兵不再来犯？今日诛灭袁崇焕三族，造成了先例，清兵若是再来，梁尚书，你顾一下自己的三族罢。”
梁廷栋给这番话吓怕了，于是和温体仁商议设法减轻处刑，改为袁崇焕凌迟，七十几岁的母亲、弟弟、妻子，几岁的小女儿充军三千里。母家、妻家的人就不牵累了④。
“凌迟”规定要割一千刀，要到第一千刀上才能将人杀死，否则刽子手有罪，那就是所谓“千刀万剐”。所以骂人“杀千刀”是最恶毒的咒骂。
袁崇焕被绑上刑场，刽子手还没有动手，北京的众百姓就扑上去抢着咬他的肉，直咬到了内脏。刽子手依照规定，一刀刀的将他身上肌肉割下来。众百姓围在旁边，纷纷叫骂，出钱买他的肉，一钱银子只能买到一片，买到后咬一口，骂一声：“汉奸！”⑤因为北京城的百姓认定，去年清兵围城是他故意引来的。很难说这样的谣言从何而来，是痛恨袁崇焕的大臣与太监们散播出去的？还是一般群众天生的喜欢听信谣言？又或许，受到了重大惊恐和损失的北京百姓需要一个发泄的对象？
从长远来说，人民的眼睛确是雪亮的，然而当他们受到欺蒙之时，盲目而冲动的群众，可以和暴君一样的胡涂，一样的残酷。但隔得远了一些，自己的生命财产并不受到直接的影响时，人们就可以冷静地思考了，所以除了北京城里一批受了欺骗的百姓，天下都知道袁崇焕是冤枉的，连朝鲜的君臣百姓也知道他的冤枉，为他的被害感到不平⑥。
袁崇焕死后，骸骨弃在地下，无人敢去收葬。他有一个姓余的仆人，顺德马江人，半夜里去偷了骸骨，收葬在广渠门内的广东义园。隔一道城墙，广渠门外的一片广场之上、城壕之中，便是八个半月之前袁崇焕率领将士大呼酣战的地方。他拚了性命击退来犯的十倍敌军，保卫了皇帝和北京城中百姓的性命。皇帝和北京城的百姓则将他割成了碎块。
那姓余的义仆终身守墓不去，死后就葬在袁墓之旁。非常奇怪的是，余君的子孙世世代代都在袁崇焕墓旁看守。直到民国五年，看守袁墓的仍是余君的子孙，他们说是为了遵守祖宗的遗训⑦。
程本直、余仆的行为表现了人性中高贵的一面。谢尚政的行为表现了人性中卑劣的一面。袁崇焕的死法，却又显示了群众在受到宣传的愚弄、失却了理性之后，会变得如何狂暴可怖。袁崇焕是一团火一样的人，在他周围，燃烧的是高贵的火焰、邪恶的火焰、狂暴的火焰。这些火焰就像他本人灵魂中的火焰那样，都是猛烈地闪亮的。
袁崇焕死后，旧部祖大寿、何可纲率军驻守锦州、宁远、大凌河要塞，清军始终不能越雷池一步。崇祯四年八月，皇太极以倾国之师，在大凌河将祖大寿紧紧包围，十月间祖大寿不支投降。副将何可纲不降，被杀。祖大寿骗皇太极说可为满清去取锦州，但一到锦州，立即就守城，此后皇太极派大将几次进攻都打不下来。皇太极两次御驾亲征，攻锦州、攻宁远，都无功而退。直到崇祯十四年三月，清兵大军再围锦州，整整围攻一年，到第二年三月，先击溃了洪承畴十四万大军，祖大寿粮尽援绝，又再投降。祖大寿到顺治十三年才死，始终不曾为满清打过一仗，大概是学了《三国演义》中“身在曹营心在汉”的宗旨，满清也没有封他甚么官。比之满桂、赵率教、何可纲、孙祖寿等人，祖大寿有所不如，但比之其余的降清大将却又远胜了。